A novel statistical ligand-binding site predictor: application to ATP-binding sites

نویسندگان
چکیده

برای دانلود رایگان متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

A novel statistical ligand-binding site predictor: application to ATP-binding sites.

Structural genomics initiatives are leading to rapid growth in newly determined protein 3D structures, the functional characterization of which may still be inadequate. As an attempt to provide insights into the possible roles of the emerging proteins whose structures are available and/or to complement biochemical research, a variety of computational methods have been developed for the screenin...

متن کامل

Using Multiple Microenvironments to Find Similar Ligand-Binding Sites: Application to Kinase Inhibitor Binding

The recognition of cryptic small-molecular binding sites in protein structures is important for understanding off-target side effects and for recognizing potential new indications for existing drugs. Current methods focus on the geometry and detailed chemical interactions within putative binding pockets, but may not recognize distant similarities where dynamics or modified interactions allow on...

متن کامل

مطالعه شیمی فیزیکی ساختمان لیزوزیم به روش ligand binding

پروتئینها فراوان تری مولکولهای آلی در بدن جانداران می باشند. آنزیم ها یکی از مهمترین نوع پروتئینهای کروی می باشند که بعضی از فعالیتهای حیات بدانها وابسته است . لیزوزیم اولین آنزیم شناخته شده است . این آنزیم دارای 129 واحد اسید آمینه در زنجیر پلی پپتیدی و چهار پیوند سیستئین درون زنجیری می باشد. لیزوزیم به دلیل دارا بودن اسید آمینه های باردار توان پذیرش بعضی از لیگاندها را دارا می باشد. در این پا...

15 صفحه اول

Novel approach for selecting the best predictor for identifying the binding sites in DNA binding proteins

Protein-DNA complexes play vital roles in many cellular processes by the interactions of amino acids with DNA. Several computational methods have been developed for predicting the interacting residues in DNA-binding proteins using sequence and/or structural information. These methods showed different levels of accuracies, which may depend on the choice of data sets used in training, the feature...

متن کامل

Discovery of novel transcription factor binding sites by statistical overrepresentation.

Understanding the complex and varied mechanisms that regulate gene expression is an important and challenging problem. A fundamental sub-problem is to identify DNA binding sites for unknown regulatory factors, given a collection of genes believed to be co-regulated. We discuss a computational method that identifies good candidates for such binding sites. Unlike local search techniques such as e...

متن کامل

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ژورنال

عنوان ژورنال: Protein Engineering, Design and Selection

سال: 2005

ISSN: 1741-0134,1741-0126

DOI: 10.1093/protein/gzi006